Aus naturschutzfachlicher Sicht sind besonders naturnahe Gärten, Gärten mit altem Baumbestand und Gärten, die eine spezielle räumliche Lage als klimatische Ausgleichsfläche im dicht besiedelten Raum sowie eine Bedeutung für das Biotopverbundsystem haben, wertvoll für die StadtNatur.
Für den Biotopverbund sind Kleingärten insofern von Bedeutung, da sie Grünachsen in der versiegelten und dicht bebauten Stadt darstellen können, die ökologisch wertvolle Biotope vernetzen und damit z.B. für Tiere erreichbar machen können. Ebenso können sie als Trittsteinbiotope dienen, die die von Tieren und Pflanzen zu überwindenden Distanzen verkürzen können.